Институт создан на основании Постановления Совета Министров Республики Узбекистан №205 от 24 марта 1961 года при Министерстве сельского хозяйства, который в 1997 году вошел в состав Государственного комитета по земельным ресурсам, а с 2004 года – в состав Государственного комитета по земельным ресурсам, геодезии, картографии и государственному кадастру.

В соответствии с Постановлением Президента Республики Узбекистан №ПП-5006 от 24 февраля 2021 года «О дополнительных мерах по совершенствованию системы использования и охраны сельскохозяйственных земель» Институт функционирует в составе Министерства сельского хозяйства.

Государственный научно-проектный институт «Узгипрозем» является центральным аппаратом, имеющим 13 территориальных подразделений в Республике Каракалпакстан и областях. В настоящее время по республике 1050 сотрудников работают в сфере землеустройства и сельского хозяйства.